Pada kerajaan Shuhan sekitar 220M-265M terjadi persaingan terselubung antara raja yang sedang berkuasa yaitu raja Zhuge Liang dengan salah satu penerus kerajaan yang bernama Liu Bei. Sang raja Zhuge Liang adalah seorang pengatur strategi perang yang sangat ulung disepanjang sejarah China. Untuk itu Liu Bei sebagai salah satu penerus kerajaan meminta bimbingan Zhuge Liang dalam memenangkan peperangan, tapi Zhuge Liang sebagai pihak yang diminta bantuan enggan memberikannya.
Setelah beberapa kali Liu Bei mendatangi Zhuge Liang secara pribadi dengan dibantu oleh dua orang kepercayaannya, yaitu Panglima perang Guanyu dan Zang Fei, dalam melakukan pendekatan persuasinya kepada Zhuge Liang. Mereka bertiga menyatakan janji setia pada kerajaan Shuhan dengan memberikan pohon pear yang telah dibonsai kepada Zhuge Liang. Bonsai pear ini melambangkan perdamaian yang akan terus dijaga dikerajaan Shuhan.
Bonsai eksis sebagai seni pemangkasan yang khusus ditujukan sebagai tanaman hias dengan keeksklusifitasan keindahannya untuk berusaha semaksimal mungkin menampilkan bentuk yang terlihat alamiah. Semakin terlihat alamiah sebuah tanaman bonsai, maka semakin bernilai lebih bonsai tersebut dengan tanpa mengurangi tajamnya kreatifitas manusia akan seni pemangkasan bonsai. Asas terpentingnya dari seni pemangkasan bonsai adalah timbulnya harmonisasi antara manusia dengan alam. Maksud sejati dari seni pemangkasan ini adalah dimana sang perawat tanaman mendapatkan sebuah kepuasan batiniah yang tak ternilai.
Sebelum tahun 1800an masyarakat Jepang mengenal teknik pengkerdilan melalui pemangkasan tanaman ini dengan nama hachi-no-ki yang berarti secara harfiah “tanaman dalam pot” dan kemudian terjadi mutasi pergeseran kata menjadi bonsai. Pergaseran kata ini dapat terjadi setelah adanya sebuah kelompok study bonsai dari Jepang, yang berusaha mencari tentang akar asal usul seni pemangkasan ini. Kata penzai adalah yang diduga merupakan asal pergeseran kata bonsai ini.
Seni pengkerdilan melalui pemangkasan suatu tanaman ini pertama kali datang ke Jepang antara era kerajaan Heian (794 M) hingga akhir masa kejayanya kerajaan Edo pada kepimpinan klan Tokugawa (1876M). Sebagian pihak menganggap bonsai hadir pada masa kerajaan Kamakura (1192M-1199M) dikarenakan adanya sebuah lukisan seorang pejabat kerajaan pada masa itu yang dihiasi oleh tanaman bonsai, dimana lukisan itu menjadi bukti yang sangat otentik tentang adanya bonsai di Jepang.
Semua pihak berpendapat bahwa para biksu dari Chinalah yang membawa teknik pengkerdilan tanaman melalui pemangkasan ini, dengan seiring keinginan misionaris agama mereka di Jepang. Keindahan tanaman bonsai yang begitu membius akan sebuah ketenangan membuat para bangsawan kerajaan Jepang mulai mendewakan bonsai sebagai identas kebangsawanannya. Sehingga bonsai menjadi identik sebagai tanaman kerajaan. Keesklusifan tanaman bonsai itu terlihat dikarenakan butuh sebuah suasana perawatan yang sangat khusus untuk merawat tanaman bonsai.
Teknik pengkerdilan tanaman ini dikenal luas oleh masyarakat umum di Jepang. Melalui seorang pesuruh kerajaan yang mengajarkan teknik bonsai keseorang muridnya, dikarenakan ia merasa sudah sangat tua dan takut tidak ada orang lagi yang akan meneruskan merawat bonsai kesayangannnya. Setelah dari seorang masyarakat biasa ini teknik merawat bonsai terus berkembang dari mulut ke mulut yang kemudian mendarah daging dalam adat istiadat orang Jepang. Bonsai dinegeri matahari terbit itu berkembang dengan pesat dan hampir melupakan negeri China sebagai negara asal teknik pemangkasan tanaman ini, walaupun tidak sedikit juga sebagian pihak mengklaim bahwa kretifitas tertinggi teknik pengkerdilan tanaman melalui seni pemangkasan ini berasal dari Jepang.